El Proyecto Educativo Institucional (PEI) es el documento más importante del colegio y es una formulación de la identidad específica del San Ignacio El Bosque como colegio y comunidad educativa. Representa el proyecto de la Compañía de Jesús en este contexto particular, como aquello a lo cual deben adherir quienes trabajan como educadoras o educadores en el SIEB, las familias que escogen este colegio para sus hijas e hijos, y las y los estudiantes, a medida que crecen y van comprendiendo qué les propone el colegio. 

Cada quien -desde su rol y experiencia particular- debiese conocerlo y adherir a él, aportando con responsabilidad para hacer realidad la visión y los sellos que se presentan en él.